ในสมัยรัฐบาล จอมพล ป. พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรี ได้พิจารณาแล้วเห็นว่า บริเวณพระอารามหลวงวัดพระเชตุพนวิมลมังคลา ราม (วัดโพธิ์) เป็นพระอารามเก่าแก่คู่บ้านคู่เมือง เป็นที่เคารพสักการะของประชาชนทั่วไป และเป็นสถานที่ท่องเที่ยวของ ชาวต่างประเทศเป็นจำนวนมาก แต่สภาพสิ่งแวดล้อมโดยรอบ สกปรก ไม่เป็นระเบียบ มีสภาพคล้ายแหล่งสลัม ทั้งนี้เนื่องมาจาก มีพ่อค้าแม่ค้าปลูกเพิงพักอาศัยและวางสินค้าเครื่องอุปโภคบริโภคนานาชนิดขายเป็นประจำถาวร เกิดปัญหาแก่ วัด ประชาชน และทางราชการเป็นอย่างมาก ซึ่งถ้าหากทางราชการจะขับไล่ พ่อค้าแม่ค้าและครอบครัวจะเดือดร้อนไม่มีที่ทำมาหาเลี้ยงชีพ รัฐบาลจึง แก้ปัญหาโดยการจัดตั้งองค์การตลาดขึ้น ที่บริเวณปากคลองตลาด ซึ่งเป็นทำเลที่ตั้งที่เหมาะสม มีการคมนาคมสะดวกทั้งทางน้ำ และทางบก เพื่อจัดตั้งตลาดกลางผักและผลไม้ขึ้นรองรับ และเพื่อความสมบูรณ์ได้ย้ายผู้ค้าส่งตลาดผักสดกรมภูธเรศน์ (ตลาดเก่าเยาวราช) ให้มารวมกันอยู่บริเวณปากคลองตลาดเป็นแห่งเดียวกัน
องค์การตลาด ได้จัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน พ.ศ. 2496 โดย "พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งองค์การตลาด พ.ศ. 2496" ซึ่งครั้งแรก ที่จัดตั้งนั้น ได้สังกัดกรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทย มีเงินทุนสำหรับดำเนินกิจการตามมาตรา 8 แห่งพระราชกฤษฎีกา จัดตั้งฯ จำนวน 15,000,000 บาท โดยรัฐบาลจ่ายให้เป็นทุนประเดิมครั้งแรกจำนวน 5,000,000 บาท และจะจ่ายเพิ่มเป็นคราว ๆ ไป ตามจำนวนที่รัฐบาลเห็นสมควร แต่ความเป็นจริงจำนวนเงินทุนเริ่มต้นที่องค์การตลาด ได้รับจากงบประมาณแผ่นดินเพียง 2,000,000 บาท เท่านั้น องค์การตลาดจำเป็นต้องกู้จากธนาคารออมสินเพิ่มอีกจำนวน 15,000,000 บาท เพื่อรวมเป็นเงินทุนเพื่อการดำเนินงาน ขั้นต้นทั้งสิ้น 17,000,000 บาท
ต่อมารัฐบาลเห็นว่ากรมประชาสงเคราะห์ ไม่ได้มีหน้าที่โดยตรงที่จะบริหารงานให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของพระราชกฤษฎีกา จัดตั้งองค์การตลาดได้ เนื่องจากเป็นระยะเริ่มต้นของการดำเนินกิจการ ดังนั้นเพื่อความคล่องตัวในการดำเนินงาน เมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ.2501 จึงโอนองค์การตลาด ไปสังกัดกรมการค้าภายใน กระทรวงพาณิชย์ เพราะได้เล็งเห็นว่า กรมการค้าภายในมีหน้าที่เกี่ยวกับ ธุรกิจการพาณิชย์ สามารถที่จะควบคุมงานขององค์การตลาดให้สำเร็จตามวัตถุประสงค์ของการจัดตั้งได้
ระยะเวลา 4 ปี ที่องค์การตลาดสังกัดกรมการค้าภายใน กระทรวงพาณิชย์ กิจการไม่เจริญก้าวหน้าตามที่คาดหมายไว้ รัฐบาลโดย ฯพณฯ จอมพลสฤษดิ์ ธนะรัตน์ นายกรัฐมนตรี ได้มีบัญชาให้โอนองค์การตลาด ไปสังกัดกระทรวงมหาดไทย เมื่อวันที่ 24 มกราคม พ.ศ. 2505 ซึ่งนับแต่นั้นเป็นต้นมากิจการขององค์การตลาดก็ได้เจริญก้าวหน้าและดำเนินการเรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน
องค์การตลาด เป็นรัฐวิสาหกิจหน่วยงานหนึ่งในสังกัดกระทรวงมหาดไทย ดำเนินกิจการตามวัตถุประสงค์และอำนาจหน้าที่ที่กำหนดไว้ ในกฎหมาย โดยใช้งบประมาณจากเงินทุนหมุนเวียนขององค์การตลาด ไม่ได้ขอใช้งบประมาณแผ่นดินแต่อย่างใด และนำเงินส่งเป็น รายได้แผ่นดินในอัตราร้อยละ 60 ของกำไรสุทธิประจำปี ปัจจุบันมีตลาดสาขาในกำกับดูแลทั้งสิ้น 5 แห่ง ประกอบด้วย ตลาดสาขาตลิ่งชัน ตลาดสาขาปากคลองตลาด ตลาดสาขาบางคล้า ตลาดสาขาหนองม่วง และตลาดสาขาลำพูน